Nell'anno 1200, esisteva già, con il nome di Santa Maria Annunziata. Nel 1225 circa, S. Francesco di Assisi soggiornò a Pescina per circa quattro mesi, fece costruire il convento accanto ad essa che fu ampliata ed in seguito dedicata al Santo. Successivamente venne dedicata a S. Antonio da Padova. Il prospetto in pietra calcare lavorata fu realizzato verso la fine del 1300, la parte superiore vi fu aggiunta successivamente Nel 1393 il Conte di Celano e Barone di Pescina, Ruggiero, diede un notevole contributo per l'ampliamento della chiesa e del confinante convento dei Minori Conventuali.

Sullo stupendo portale, di stile romano - gotico con archivolti scolpiti, il conte Ruggiero vi fece apporre scolpito in pietra lo stemma dei conti di Celano. La parte superiore della facciata, è di stile rinascimentale, i lavori furono eseguiti sotto la direzione dell'architetto Giovanni Canale (n. Pescina 1610 - m. Roma 1676) negli anni 1640 48, (Giovanni Canale soprannominato Artusi, detto il Pescina, discepolo del grande G. L. Bernini).

Vi lavorarono negli anni successivi anche altri artisti. Negli anni 1863 72, il convento fu soppresso, la chiesa rimase aperta al culto e fu affidata alla Confraternita di S. Antonio di Padova. Dal terremoto del 1915 fino al 1930 visi officià anche come parrocchia, a causa della chiusura della chiesa di S. Maria delle Grazie per i danni del terremoto. Tra il 1967 e il 1971 la chiesa di S. Antonio da Padova viene ristrutturata, l'oratorio adiacente viene demolito completamente, gli altarini vengono snaturati del loro antico splendore, sparisce anche una tela di interessante valore artistico, vengono sostituite le canne originali dell'organo settecentesco, viene demolito lo splendido e caratteristico pavimento, con marmo moderno, tutto l'archivio del convento e della confraternita risultano dispersi.

Oggi, si può ammirare parte del coro in noce intarsiata in stile barocco, e parte delle bellissime strutture interne, alcuni dipinti, e il rimanente dell'organo. È tuttora usata per il culto e amministrata e curata dalla confraternita di S. Antonio da Padova.